En 1565, tras varios intentos fallidos, Móstoles dejó de depender de Toledo al comprar su propia jurisdicción al rey Felipe II. El recuerdo de aquel privilegio sigue hoy en su escudo, donde se lee «Don Phelipe II».
Mesones, posadas y ventas
En el siglo XVI Móstoles era un nudo de comunicaciones: la disposición radial de sus calles principales es herencia de aquellos caminos. Por aquí pasaban ganaderos, comerciantes y viajeros, así que abundaban los mesones, posadas y ventas. Sus tabernas presumían de los llamados «órganos de Móstoles», un ingenioso sistema para mantener fresco el vino que acabó dando título a una zarzuela del siglo XIX.
Lo que cuentan las Relaciones de 1576
Las Relaciones topográficas de Felipe II describen un pueblo agrícola de unos 300 vecinos (en torno a 1.200 habitantes), en su mayoría arrendatarios de tierras de grandes propietarios. El concejo debía abastecer a la Corte de pan, paja y cebada, y el pueblo exportaba vino y aceite. Móstoles era además cabeza del arciprestazgo de Canales, con 57 pueblos y aldeas.
La Virgen de los Santos
En el siglo XVI se produjo la aparición de una talla de la Virgen que dio origen a la ermita de Nuestra Señora de los Santos. Llegó a haber hasta once ermitas en el término, pero esta fue siempre la más importante. El edificio actual se reedificó entre 1680 y 1688, y la Virgen de los Santos es hoy la patrona de Móstoles.
El siglo XVIII
La Guerra de Sucesión golpeó al pueblo, y la política de caminos de los Borbones, que hizo pasar las grandes rutas por Madrid, le restó importancia. Solo el Camino Real de Extremadura siguió cruzando Móstoles… y por él llegaría, en 1808, el episodio que haría famoso al pueblo en toda España.